A criação de referências multibanco não tem qualquer custo. Isto significa que, se emitir uma factura com referências, e não forem utilizadas, não terá nenhum custo associado. Existem, no entanto, taxas associadas aos pagamentos efectivamente realizados através das referências.
| | euPago | Lusopay | PayPay | HiPay |
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| Taxa fixa | 0,65€ | 0,69€ | Definido caso a caso | – |
| Taxa variável | 0,21€ + 1.5% (até 0,75€) | – | – | – |
Todos os preços apresentados acrescem de IVA à taxa em vigor.
