Posso ter várias séries ao mesmo tempo?

Sim, poderá utilizar várias séries em simultâneo. No entanto, cada documento que emitir só poderá estar associado a uma delas.

Ao criar uma factura ela assumirá, por defeito, a série que tenha como predefinida na sua conta. No entanto, enquanto edita o documento conseguirá ainda alterar o campo Séries e escolher uma outra série para a emissão do documento em questão.